Die Pfarrei Unterägeri wurde 1714 gegründet. Die erste Pfarrkirche Maria Unbefleckte Empfängnis wurde 1721 eingeweiht. 1725 zog Pfarrer Dr. Fliegauf als erster Pfarrer in sein neues Pfarrhaus ein und übernahm die Leitung der Pfarrei. Die Pfarrei gehörte damals zum Bistum Konstanz, das zu Beginn des 19. Jahrhunderts aufgelöst wurde.

Seit der Neugründung des Bistums Basel mit Sitz in Solothurn 1828 ist dessen Bischof auch für Unterägeri zuständig. Die Zuger Pfarreien bilden ein eigenes Dekanat. 1860 wurde die heutige Pfarrkirche Heilige Familie geweiht.

Als Folge des Priestermangels wurden 2012 Pastoralräume geschaffen. Zusammen mit den Pfarreien Allenwinden, Menzingen, Neuheim und Oberägeri bildet Unterägeri den Pastoralraum Zug Berg.